长春亚泰足球俱乐部成立于1996年，由吉林亚泰（集团）股份有限公司注资创建。在连续三年冲击甲B失败会后，1999年末，长春亚泰与八一超能合作，获得翌年的甲B联赛资格。2000年年底，长春亚泰与八一超能合作破裂，长春亚泰以1500万元买断八一超能。2001年，长春亚泰获得甲B联赛冠军，但因涉嫌参与打假球，而被中国足协取消升级资格。2004年，成为中甲联赛创始球队之一。
2005年，长春亚泰获得中甲亚军并升入中超。2007年在高洪波的带领下，长春亚泰获得中超联赛冠军，也是队史上首个顶级联赛冠军，成为继大连实德、上海申花、山东鲁能及深圳健力宝后，历来第五支夺得中国顶级职业联赛冠军的球队。
2018年球队战绩不佳降入中甲，两年之后再度夺得中甲冠军，重新升入中超。
